lsq546397641的个人博客分享 http://blog.sciencenet.cn/u/lsq546397641

博文

kraken2结果解释

已有 5480 次阅读 2020-5-22 09:54 |系统分类:科研笔记

详情:https://ccb.jhu.edu/software/kraken2/index.shtml?t=manual

--output  

共5列
1."C"/"U":是否分类(C:分类;U:未分类)

2.测序数据read ID号 ,来自FASTA/FASTQ文件

3.分类ID号,(例:Mucilaginibacter ginsenosidivorax (taxid 862126);如果taxid号为0,说明没有分类

4.测序read的长度

5.以空格分隔的列表,指示序列中每个k-mer的LCA映射 (冒号之前taxid,0为没有数据)

例:"562:13 561:4 A:31 0:1 562:3" 

  • the first 13 k-mers mapped to taxonomy ID #562

  • the next 31 k-mers contained an ambiguous nucleotide

  • the next 1 k-mer was not in the database

备注:最近公共祖先 lowest common ancestor (LCA) 


--report

共6列

1.Percentage of fragments covered by the clade rooted at this taxon(这个属或种的read在总read的比例)

2.Number of fragments covered by the clade rooted at this taxon(统计分类子集数量即该分类单元的read数,

)<比如属,会包括这个属之下的所有种>)

3.Number of fragments assigned directly to this taxon (只鉴定到这个分类单元的read数<比如属,就是只包含确定到这个属,但不包括可以鉴定到这个属之下的种的read,这个是和第2列的区别> )

备注:与测序read个数相同

4.A rank code, indicating (U)nclassified<未分类>, (R)oot, (D)omain, (K)ingdom,

   (P)hylum, (C)lass, (O)rder, (F)amily, (G)enus<属>, or (S)pecies<种>.

门纲目科属种

备注:分类等级码(例:G2,通过一个数字指示与该等级的距离,表示分类单元在属和种之间的等级码,the grandparent taxon is at the genus rank)

5.NCBI taxonomic ID number (NCBI分类号)

6.Indented scientific name(缩进的学名)




https://m.sciencenet.cn/blog-994715-1234359.html

上一篇:题目95
下一篇:使用python语言,统计列表的四分位数

0

该博文允许注册用户评论 请点击登录 评论 (0 个评论)

数据加载中...
扫一扫,分享此博文

Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )

GMT+8, 2022-9-25 22:20

Powered by ScienceNet.cn

Copyright © 2007- 中国科学报社

返回顶部