获得比对到目标数据库中的序列数目

在进行转录组注释分析时，需要对blast的结果进行简单的分析，从而得到注释到目标数据库中的转录本的数目。由于缺乏基本的计算机编程语言的编写能力，因此打算采用比较笨的办法对结果进行解读。首先将outfmt 6 的输出文件中的第一列提取出来，生成一个新的文件。并对此文件进行重复元素去除，最终计算去除重复元素之后的文件的行数即为我们所要得到的结果。

1. 从文件中提取特定的列, 并将其保存为一个新的文件

$ awk '{print $1}' target.file > column.1

awk是一个对文件进行信息提取处理的一个命令，其基本的操作语法是：

awk '{操作代码}' 目标文件 >输出文件

print $1表示输出第一列，$2表示第二列，依次类推。

2. 对输出文件进行去重复元素处理

$ uniq -u column.1 > column.2

uniq命令主要是报告或删除文件中重复的行， 其基本的操作语法是：

uniq [参数] 目标文件 > 输出文件

其中输出文件为可选参数，如果不指定，则输出在屏幕上

3. 统计文件的行数

$ wc -l column.2 > column.num

至此，便可以得到比对到目标数据库中的转录组的数目。