应用PAUP 4.0 软件分析0-1二元数据教程

By Wu Weifeng

1. 准备nexus格式文件（下文指001.nexus）；

2. 打开PAUP软件，file - import data载入001.nexus；

3. Execute执行001.nexus；

4. File -log output to file创建日志记录；

5. Analysis - distance settings- RFLP/AFLP distances - Nei-li（sites）其它默认，ok；

6. Trees - generate trees -NJ/UPGMA，生成聚类树；

7. Analysis - bootstrap/ jackknife analysis- number of replicates:1000-continue，完成自举检验，生成分支具有自举值得聚类树。

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