基于Nei\'s遗传距离利用Mega 7绘制聚类图
2018-12-28 10:05
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基于Nei's遗传距离利用Mega 7绘制聚类图by Wu Weifeng整理.pdf
基于Nei-li遗传距离利用Mega 7绘制聚类图
By Wu Weifeng
1. 打开Mega 7软件,主面板中点击file - edit a text file,进入到数据编辑面板
2. 输入数据,数据输入格式如下图所示,数据矩阵中数据间需用空格隔开
3. 输入好数据后,点击file - save,保存,文件名直接手动定义meg格式,及在文件名中输入(文件名.meg),保存。关闭数据编辑面板。
4. 在主面板中点击Data - open a file/session,打开之前保存的数据文件
5. 选择pairwise distanse,matrix format - lower left matrix,其它默认,点击ok
6. 开始建树,点击phylogeny - construct/test UPGMA tree,出现use the active file?提示,yes,然后点击compute,获得聚类结果。(NJ tree聚类树方法类似)
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