现代系统与合成生物学，或生物系统的科学与工程（science and engineering of biosystems），实际上是在系统科学与实验科学结合层面重新提出与定义的概念，从计算机数学建模、人工智能、微电子技术和基因组设计到代谢工程、基因工程、转基因生物技术等方法综合的细胞设计与合成，包括，系统理论、数学模型和实验生物技术、计算生物学等方法。理论、数学生物学与技术、工程生物学整合的生物系统与人工生物系统研究，为揭示生命现象的本质规律和医学与工业应用提供原理和依据。

源自于20世纪80年代的实证科学与系统科学探讨，实证方法是实验与理论的结合，系统不是整体而是介于整体与部分之间，系统论的方法不等于整体论的方法而是分析与综合渗透（透视）研究方法，系统研究是建立在精细实验、逻辑分析基础上，在分析、精细化之后和归纳、演绎逻辑的严谨化之后的方法整合。

20世纪的系统理论，在心理与行为学、生理与生物化学、形态发生与遗传学等层次建立，包括，一般系统论、控制论、信息论、博弈论、耗散结构论、协同论、突变论、混沌理论、分形几何和非线性系统动力学等。20世纪70年代艾根提出生物信息分子进化的超循环论，热物理学的负熵理论对应自组织化系统的信息论等，构成物理化学与生物医学研究的交叉衔接，从进化论到系统论，然后，系统的综合理论建立结构模型的研究方法，结构是数学意义上的关系（connectivity）集合。

从心理、生物学和进化论等科学哲学与系统哲学思考，20世纪80年代曾邦哲提出生物系统的结构论（structure theory或structurity） - 泛进化理论，90年代在心身（psychosomatic）医学、拓扑学和图论与中西医学比较研究，从系统思维方法和分子医学的生物技术结合，生物信息进化的基因与蛋白质分子相互作用等，发现中医理论的网络系统概念和控制论稳态模型等，即，从分子、细胞到器官、个体生物系统的时间节律与形态转换振荡子（oscillator）模型。“分子相互作用超循环 - 细胞发生周期与通讯调控 - 代谢器官相互作用和生理稳态调控”等层次之间的衔接，构成开放系统模型，包括，代谢与发育、繁殖与进化、应激与行为的自组织化系统。

-（系统生物学简史

Systems Medicine – Systems Genetics & Biotechnology）-