许多疫苗都属于所谓的减毒活疫苗：如麻疹减毒活疫苗、甲型肝炎减毒活疫苗、冻干水痘减毒活疫苗、乙型脑炎减毒活疫苗、风疹减毒活疫苗、口服脊髓灰质炎减毒活疫苗、口服狂犬病减毒活疫苗等。

这类疫苗的好处就是接种者能获得长期或者终身保护作用，不过安全性是个问题。

有人猜测，减毒活疫苗效果好的原因可能是它更贴近野生型病毒的感染进入途径，所以所刺激出来的免疫反应也更完整，全面，完美。而用合成蛋白作为抗原的疫苗不能有效地挑起机体完整的免疫反应，所以不是产生出来的士兵兵种不对（该产生分泌型的IgA 结果产生出了IgG), 就是把训练出的士兵送到了错误的战场（呼吸道疾病的抗体送到消化道去了）。或者是军区之间步调不协调（T细胞，B细胞，和先天免疫的一些功能细胞之间的协调不够好）。

最近和一个CDC的资深科学家交流，椐她说HPV患者中很多血清中有很高浓度的抗HPV抗体，但是还患宫颈癌；而有些没有很高的抗体浓度，反而不得癌。所以单纯衡量是否有特异性抗体产生并不说明疫苗就有效。

疫苗是很奇妙的东西，可是如果我们在仿效自然免疫的过程中对自然现象本身了解不够，很可能把事情搞糟。疫苗研发实际上是个“黑匣子”，到底那个好，为什么好，真样才能更好，我们都不很清楚。这样下去实际上是很危险的。玩免疫系统就好比玩火，或者是倒卖军火，搞不好会引火烧身的。

改进现状需要我们有更好的方法观察体内免疫的变化过程。这是免疫组库技术的一个很重要的应用方向：通过高通量测序，比较使用疫苗前后的免疫组库变化，能更准确地找到特异性的个体变化，为评价疫苗的效率提供新的参照指标。

研发疫苗就是最大限度地复制机体本身的免疫反应，不但要“山寨”一把，还要做出“高仿”的产品来。可是我们现在连原版的东西都没有看清楚，如何做出像样的“高仿”产品来呢？

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