参考文章：A Bayesian hierarchical model to detect differentially methylated loci from single nucleotide resolution sequencing data

DSS为计算不同组别间差异甲基化位点和区域的R包。

DSS的下载与安装：

1）source(http://bioconductor.org/biocLite.R)

2）biocLite("DSS")

也可以下载安装包，解压缩安装，此情况下需要将DSS的依赖包一个个安装。

DSS的使用，

1）可在R下使用system.file(package="DSS")查看DSS包的安装目录，

2）在此路径下用exdata、data等不同目录，如图所示

3）进extdata目录下，有4个example 文件，每个文件都是4列。其中第1列表示chromosome、第2列是genomic coordinate、第3列是total number of reads、第4列是number of reads showing methylation。

4）进doc目录，可见到DSS.R和DSS.Rnw，有关于DSS使用的介绍

5）实际使用案例，用extdata目录下的4个example文件来计算差异，代码如下：

library(DSS)

path <- file.path(system.file(package="DSS"), "extdata")

dat1.1 <- read.table(file.path(path, "cond1_1.txt"), header=TRUE)

dat1.2 <- read.table(file.path(path, "cond1_2.txt"), header=TRUE)

dat2.1 <- read.table(file.path(path, "cond2_1.txt"), header=TRUE)

dat2.2 <- read.table(file.path(path, "cond2_2.txt"), header=TRUE)

BSobj <- makeBSseqData( list(dat1.1, dat1.2, dat2.1, dat2.2),c("C1","C2", "N1", "N2") )[1:10000,]

dmlTest <- DMLtest(BSobj, group1=c("C1", "C2"), group2=c("N1", "N2"))

dmls <- callDML(dmlTest, p.threshold=0.001)（差异单位点计算）

dmls2 <- callDML(dmlTest, delta=0.1, p.threshold=0.001)（差异区域计算）

结果的输出可利用write.csv(dmls,"文件名")读写到个人命名的文件中