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GO和Pathway分析推荐clusterProfiler

已有 9551 次阅读 2017-5-4 17:09 |个人分类:科研文章|系统分类:科研笔记|关键词:学者

clusterProfiler的安装:

       连网,参考http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/clusterProfiler.html

       个人利用Mac在操作时,将

source("https://bioconductor.org/biocLite.R")

修改成

source("http://bioconductor.org/biocLite.R")

然后成功安装。

对于一些非模式的物种,在准备clusterProfiler需要的文件时,需要用到包,安装参考:https://bioconductor.org/packages/release/bioc/html/AnnotationHub.html


在使用AnnotationHub 过程中,可能会出现cannot open: HTTP status was '500 Internal Server Error'报错信息,这个时候需要更新R和Bioconductor,解决可参考https://support.bioconductor.org/p/76605/


对于clusterProfiler的具体使用,可参考

https://www.bioconductor.org/packages/devel/bioc/vignettes/clusterProfiler/inst/doc/clusterProfiler.html#kegg-analysis

http://guangchuangyu.github.io/2016/01/go-analysis-using-clusterprofiler/?utm_source=tuicool&utm_medium=referral

非常好用的工具




https://m.sciencenet.cn/blog-306699-1052961.html

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