杨梅（Myrica rubra or Morella rubra; 2n=16），是一种广泛种植在我国长江以南的亚热带常绿果树，种质资源丰富，果实颜色鲜艳、风味独特，具有较高的经济、生态和营养价值，作为功能性水果深受欢迎。但是，目前杨梅已发布的基因组缺乏序列连续性和完整性，还没有大规模的种质资源关联分析检测决定果实品质性状的等位基因和遗传变异。因此，在本研究中，我们使用PacBio-HiFi对早熟品种“早佳”组装了一个从端粒到端粒（T2T）从头组装参考基因组。由此产生的292.60Mb T2T基因组揭示了8个着丝粒区、15个端粒和28345个基因。这标志着中国杨梅基因组连续性和完整性的显著提高。随后，我们对173份材料进行了重新测序，鉴定出6649674个单核苷酸多态性（SNPs）。此外，通过对29个果实品质相关性状分析，进行了全基因组关联研究（GWAS），鉴定了1937个SNPs和1039个候选基因，有助于品质定向改良和产业持续健康发展。

1题目

T2T Reference Genome Assembly and Genome-Wide Association Study Reveal the Genetic Basis of Chinese bayberry Fruit Quality.

2杂志

Horticulture Research； IF 8.7分（2023）

3链接

Shuwen Zhang, Zheping Yu, Li Sun, Senmiao Liang, Fei Xu, Sujuan Li, Xiliang Zheng, Lijv Yan, Yinghong Huang, Xingjiang Qi, Haiying Ren, T2T Reference Genome Assembly and Genome-Wide Association Study Reveal the Genetic Basis of Chinese bayberry Fruit Quality,Horticulture Research, 2024;, uhae033, https://doi.org/10.1093/hr/uhae033.

4检测指标

Norminkoda提供可溶性固形物TSS，可滴定总酸TA，总糖TS，糖酸比AS相关检测。 

5主要内容

Fig 1：杨梅T2T基因组组装。

Fig 2：杨梅种群结构和遗传多样性。

Fig 3：果实颜色，品质性状相关的GWAS分析.

Fig 4：29个材料品质分析。

本研究为后续研究提供了T2T参考基因组基因，表型理化指标等数据关联分析，挖掘了杨梅果实颜色形成，果实大小、糖酸组分、氨基酸含量等性状相关的等位变异和基因，并采用WGCNA对果实极端表型转录组数据进行了共表达网络分析，为定向改良杨梅品质性状提供了靶点，将对杨梅育种，种质资源保护和利用产生重大影响。

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