原理：高斯根据计算所产生的每个原子周围的静电势进行拟合，在高斯输出文件log文件里有ESP电荷，但是ESP电荷做的不够好，如对于-CH3基团，一般认为三个H所带电荷相同，在ESP电荷里略有不同，RESP做出来后三个H所带电荷相同。需注意的是，对于同一个原子，RESP电荷与ESP电荷应相差不大，如同一个H原子，高斯计算出ESP电荷是0.05，做出的该H的RESP电荷如果是0.5，那就可能哪里出问题了，总之，ESP电荷可作为参考。

【计算方法】：

第一步：用高斯计算esp电荷

算resp的结构应该是优化之后的结构.基于此,有两种办法:

第1种:

优化和resp计算分开计算，先优化结构，再做resp计算。优化可以用B3LYP或者别的泛函，但拟合RESP电荷用的静电势应当在HF下计算，原因是此级别高估偶极矩，被认为可以等效体现溶剂效应。

第2种:

优化和resp同时做,这时泛函必须选HF,原因就是resp这一步必须采用HF.

做resp的关键词有g03和g09两个版本：

g03版:

iop(6/33=2,6/42=10,6/41=10) pop=mk

每一个iop概念，查手册。

例子：

#p opt hf/6-31+g(d)  iop(6/33=2,6/42=10,6/41=10) pop=mk

g09版：

iop(6/33=2,6/42=6,6/50=1) pop=mk

例子：

#p opt hf/6-31+g(d) iop(6/33=2,6/42=6,6/50=1) pop=mk

算完之后，可以在log文件里搜索【ESP】关键词，可以看到esp电荷，如下：

第二步：做RESP电荷

此处方法，用到antechamber程序，所以需先加载好antechamber路径，因为antechamber在amber软件包里有，所以可以单独加载amber路径，也可以单独加载antechamber路径，

加载amber软件，例：

export PATH=$PATH:/share/apps/amber9.exe
export AMBERHOME=/share/apps/amber9
单独加载antechamber程序路径，例：

export PATH=/opt/antechamber-1.27/exe:$PATH
export ACHOME=/opt/antechamber-1.27/

到此，可以采用antechamber进行拟合resp电荷。

拟合resp电荷有两种办法：

第一种：

antechamber -i LIG.log -fi gout -o LIG.ac -fo ac -nc -1 -pf y
respgen -i LIG.ac -o test1 -f resp1
respgen -i LIG.ac -o test2 -f resp2
espgen -i LIG.log -o LIG.esp
resp -O -i test1 -e LIG.esp -o LIG.resp1out -t qout_stage1
resp -O -i test2 -e LIG.esp -o LIG.resp2out -q qout_stage1 -t qout_stage2  

解释：

-i 指定输入文件

-fi 指定输入文件类型

-o 指定输出文件

-fo 指定输出文件类型

-nc 指定体系所带总电量，此处为-1（如果没有-nc这一命令，则默认体系呈中性）

-pf y 不产生中间文件 （此命令可以不加，只是这样会产生一系列中间文件）

做好的resp电荷存储在 qout_stage2 文件中, 该文件长这样：

此文件中，只有原子电荷信息。同时存有resp电荷信息的是 LIG.resp2out 文件，如下：

q(opt)一列即所需resp电荷，与qout_stage2保持一致。

该拟合相当于拟合了两次，第一次拟合得到LIG.resp1out文件，该文件中q(opt)一列电荷与qout_stage1文件中保持一致。第二次拟合得到LIG.resp2out文件，在LIG.resp2out中q(init)一列即LIG.resp1out中q(opt)一列。

第二种：

antechamber -i LIG.log -fi gout -o LIG.mol2-fo mol2 -c resp -nc -1 -pf y

所产生的resp电荷存储在mol2文件中：

上图中最后一列即resp电荷。

解释：

-c resp 指定拟合原子电荷的方法，此处为采用resp方法。

在上述拟合resp电荷过程中，可能会出现如下一些信息，这都不是错误信息，属于正常：

Info: Bond types are assigned for valencestate 11 with penalty of 1

Info: the number of the ESP exceeds the MAXESP(20000),extendthe size and reallocate the memory automatically

第二种info,是因为在高斯com文件中设置iop时，采用格点数太大，出现此类信息为正常，高斯官方回复：It is just for information. The program reallocates memory itself.

那么，什么时候需要自己算resp电荷呢？

在自己的以往工作中遇到需要算resp电荷的情况是：在用amber跑生物体系动力学时，最初建力场时，关于配体有机小分子的电荷，如果所研究的电荷转移能量转移等有涉及配体分子，则此时配体分子的电荷需要跑resp电荷。当然可以采用bcc电荷，但是一般认为resp比bcc更准确。

采用bcc电荷方法：

antechamber -i LIG.pdb -fi pdb -o LIG.mol2-fo mol2 -c bcc -nc -1 -pf y

解释：

-c bcc 指定拟合原子电荷的方法，此处为采用bcc方法。

完！