1 巢式PCR

通常涉及两个连续的扩增反应，每个反应使用一对不同的引物。第一次扩增反应的产物被用做第二次PCR的模板，而第二次反应的寡核苷酸引物序列位置位于第一对引物内侧。先后使用两对引物可使循环数倍增，从而提高了PCR的灵敏度，反应特异性的提高源于和相同模板结合的两套独立的引物。

2 Touchdown PCR

通过逐渐降低退火温度的反应条件来增加特异性。在Touchdown PCR中，退火温度的起始设置会比引物计算的Tm值高5-10℃，在高度严格的条件下退火有利于形成完善的引物-模板杂交体；二在后面的循环中，退火温度逐步递减，这样至PCR循环中期时，退火温度会比引物设计所得的Tm低2-5℃，这时候靶序列已经经历几个循环的几何级扩增，并且成为占据主导地位的PCR扩增产物。