博文

包含细胞上下文信息的细胞互作数据库：CCIDB

已有 1008 次阅读 2023-9-1 08:51 |个人分类:科普|系统分类:科普集锦

包含细胞上下文信息的细胞互作数据库：CCIDB

生物系统由许多细胞组成，这些细胞之间的相互作用导致重要生物信号的交换，这些信号在维持生物功能方面发挥着重要作用。到目前为止，已经鉴定出各种类型的细胞-细胞相互作用（CCI），包括配体-受体相互作用、细胞外基质（ECM）-受体和受体-受体的相互作用。单细胞RNA测序（scRNA-seq）技术的最新进展使我们能够区分细胞类型并估计其转录。单细胞水平分析可以揭示单细胞水平的CCI。以前，CCI的几个数据库，如BaderLabDB、LRdb、CellPhoneDB和CellChatDB，已经使用文献中报道或计算预测的互作关系进行开发。例如，BaderLabDB包含115,900个在人类中发现的配体-受体（LR）相互作用。LRdb包含3251个人类LR相互作用。CellPhoneDB包含930个人类LR交互。CellChatDB包含3960个在人类和小鼠中的相互作用。这些数据库包含有关CCI的有用信息，如源基因、靶基因、相互作用名称、参考特征，包括“数据库资源”、“数据库来源”和“PubMed ID（PMID）”，以及有关细胞类型的信息，包括“物种”。这些CCI数据库正被研究人员积极用作一种资源，以了解和研究细胞之间相互作用调节的细胞现象和生理功能的潜在机制。此外，失调的CCI可导致疾病的发展和进展；因此，了解CCI可以帮助研究人员深入了解疾病的病理生物学。

CCI根据细胞类型和细胞状况(如基因突变、疾病状态和其他遗传扰动)受到不同的调节。这些细胞环境影响CCI，调节其下游细胞效应，如细胞生长、死亡、分化和疾病发展和进展。然而，以前的CCI数据库并没有纳入已建立的CCI，这些CCI根据细胞环境的不同而发挥不同的作用。事实上，恶性细胞与成纤维细胞、免疫细胞和其他组织细胞相互作用。然而，它们的相互作用可以根据细胞环境(如突变、基因表达水平或疾病进展等级)进行不同的调节。例如，带有TP53的肿瘤细胞发生突变与成纤维细胞相互作用，通过介导血管生成促进肿瘤进展。此外，癌症组织中的成纤维细胞具有不同的细胞特征，被称为癌症相关成纤维细胞(CAF)。CAFs分泌IL-6，与IL-6R相互作用，促进癌细胞进展。这些发现表明，即使是相同的细胞类型，CCI也可能因疾病状态和细胞背景而有所不同。因此， CCI分析还应考虑细胞环境。

本次，介绍Noh等人最新开发的一款细胞相互作用数据库(CCIDB，https://ccidb.sysmed.kr/，图1)，其中包含对细胞功能(如细胞类型、病理和表型)很重要的细胞背景。他们从最近发表的文献中手动检索和整理了与上下文相关的CCI信息，并将其与以前的CCI数据库进行比较。通过证明，CCIDB数据库有利于生物学解释以及理解上下文相关的潜在机制。

图1 CCIDB数据库

参考文献

[1] Noh JY, Lee HI, Choi JH, Cho SH, Yi YH, Lim JH, Myung EB, Shin YJ, Shin HJ, Woo HG. CCIDB: a manually curated cell-cell interaction database with cell context information. Database (Oxford). 2023 Aug 11;2023:baad057. doi: 10.1093/database/baad057.

以往推荐如下：

1. 分子生物标志物数据库MarkerDB

2. 细胞标志物数据库CellMarker 2.0

3. 细胞发育轨迹数据库CellTracer

4. 人类细胞互作数据库：CITEdb

5. EMT标记物数据库：EMTome

6. EMT基因数据库：dbEMT

7. EMT基因调控数据库：EMTRegulome

8. RNA与疾病关系数据库：RNADisease v4.0

9. RNA修饰关联的读出、擦除、写入蛋白靶标数据库：RM2Target

10. 非编码RNA与免疫关系数据库：RNA2Immune

11. 值得关注的宝藏数据库：CNCB-NGDC