HISAT（hierarchical indexing for spliced alignment of transcripts，转录本剪接比对分级索引）是一个比对来自RNA-Seq reads的高效系统。
HISAT使用一个基于Burrows-Wheeler变换和Ferragina-Manzini（FM）索引的索引方案，利用了两类索引进行比对：一个全基因组FM索引以定位每个比对，和许多局部FM索引用于非常快地扩展这些比对。
HISAT的人类基因组分级索引包含48,000个局部FM索引，每个索引代表了一个约64,000 bp的基因组区。
在真实和模拟数据集上的测试显示HISAT是当前可用的最快的系统，具有比任何其他工具等同或更好的准确性。


尽管它拥有大量索引，但是HISAT仅需要4.3GB的内存。HISAT支持任何尺寸的基因组，包括那些大于40亿碱基的基因组。

下载：http://www.ccb.jhu.edu/software/hisat/index.shtml
语言：C
参考：HISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements