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Quake使用最大似然方法结合质量值和核苷酸特异性错误识别率,检测和修正测序reads中的错误。使用Quake后,在从头装配和SNP检测中获得了大量改进。Quake能够用于任何大小的项目,包括超过10亿条人类reads。
修正搜索
每个(质量差的)节点,可以有3种修正状态(即共四种状态)。例如:T修正成A,C,G,三种状态。
节点代表可能修正的reads,分枝代表修正。为每个节点分配一个likelihood。算法以likelihood降序访问每个节点,直到发现一条有效read或过阈值。
下载:http://www.cbcb.umd.edu/software/quake
时间:20101129
参考:Quake: quality-aware detection and correction of sequencing errors
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