关于学习，我的第一个建议是花一点时间凝练出需要解决的生物学问题，目的是找到学习的方向，只要能有助于解决问题，就要创造条件开始学习，即使自己是门外汉，另外一些与解决问题关联度较差的知识可以先放放，即使可能非常流行或者在考试中经常出现。第二个建议是先找几本教材作为起点，一般只需要学习前面几章，目的是先入门，主要先搞清楚基本概念和学会基本技巧。第三个建议是在实践中学习，就是入门后立刻着手设计研究方案尝试解决这个生物学问题，然后根据暴露出来的问题进行针对性的学习，这个过程要反复多次，可能比较漫长，所以贵在坚持。下面列出的书籍都是我读过的，给出的学习建议可供参考：

l       《Perl实例精解》(中文版)：建议作为Perl学习的常备书，适合从菜鸟到编程老手，建议第1－4章速读，第5－11章仔细学习，书后习题最好一个不拉的作完，第13、17、18、20章选读。

l       《Perl高效编程》(中文版)：建议作为Perl编程时的常备书，实用性很强，许多编程技巧需要仔细阅读领会并实践，需要读者具备一定的编程阅历。

l       《Perl最佳实践》(中文版)和《精通Perl》(中文版)：这两本书书可以作为学习《Perl实例精解》的补充，介绍编程的思维方式，介绍如何写出符合业界规范的程序，如果经常编写大家伙，特别是多人分工合作开发软件时，这两本书要仔细看了，但是如果编写的生物信息学程序的源代码只有百十来行，这两本书也可以略读。

l       Beginning Perl for Bioinformatics（影印版）：如果想一个月速成生物信息学，这本书是个好的选择，另外对生物学所知甚少，那这本书就能够提供进行生物信息学研究最基本的生物学知识。如果愿意花费时间，而且具备生物学背景，这本书可以略读，直接学习Perl编程的书就可以了。

l       Mastering Perl for Bioinformatics（影印版）：学习第1，2，6，7，9章，特别是第9章，如果知道Perl编程，可以略读Beginning Perl for Bioinformatics 和Mastering Perl for Bioinformatics这两本书，直接访问http://bioperl.org/wiki/Main_Page，把最新的帮助文档打出来学习就是，建议首先学习SeqIO包。

l       《统计建模与R软件》和《R语言与统计分析》：适合初学者，可以作为R语言学习的入门书，仔细学习前面几章，可以换着看，这两本书适合用于课堂学习，涉及到研究则介绍深度还不够，特别是许多常用函数的功能没有面面俱到，要想得心应手你可能还需要仔细学习R的英文帮助信息。

l       《R语言及Bioconductor在基因组分析中的应用》：介绍如何使用R／Bioconductor包进行基因组学数据分析，主要学习如何使用相关软件包，这本书可以作为以上两本中文教材的进阶，优缺点同以上两本书类似，只能起到抛砖引玉的作用，要想掌握其中任何一个软件包，你还需要从http://bioconductor.org/packages/release/bioc/下载说明书，并且在R环境里逐行运行软件包给出的R示范程序，两边对照学习，否则容易走马观花。

l       《R语言初学者指南》(中文版)：限于介绍基本的R函数，但每一个函数都讲得很详细，而且不涉及统计学知识，可以把它作为R编程的常备参考书，随时查阅。

l       《鸟哥的Linux私房菜 基础学习篇》：适合Linux初学者学习，全书内容都要熟读，培养在命令行下操作的习惯，对于复杂的或者经常重复的操作，windows视窗反到不方便，不过因为软件版本升级一些安装Linux的步骤已经变了。

l       《鸟哥的Linux私房菜 服务器架设篇》：可以选读第5、7、8、10、18章。

l       《Linux速查手册指令范例》：不一定必须熟记所有Linux命令，只需要记住几个常用命令，其它命令用到时翻一下手册。

l       《深入浅出MySQL数据库开发、优化与管理维护》：仔细学习第2－5，27章，受实验室研究方向限定，一般基因组学数据库即使数据海量，但往往数据之间关联性并不高，所以数据库并不复杂，除非你专门从事公开数据库维护或者数据挖掘，你不一定成为SQL数据库高手，SQL一般会用就成。

l       《MySQL Cookbook》(中文版)：可以作为上一本书的补充，查询SQL命令很方便。
MySQL Cookbook (English version): The book is nice for reference of SQL anytime.

l       《MySQL 开发者SQL权威指南》(中文版)：可以找到一些比较复杂的SQL语句写法，不过这本书不好读，翻译得很晦涩。