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bwa软件快速使用

已有 904 次阅读 2022-6-6 15:34 |系统分类:科研笔记


1. 先对参考序列建索引

bwa index 97_otus_16S.fasta

image.png

2. 快速使用

平台

命令

Illumina

454

IonTorrent

小于

~70bp

bwa aln ref.fa reads.fq > reads.sai

bwa samse ref.fa reads.sai reads.fq > aln-se.sam

大于

~70bp

bwa mem ref.fa reads.fq > aln.sam

小于

~70bp

bwa aln ref.fa read1.fq > read1.sai

bwa aln ref.fa read2.fq > read2.sai

bwa sampe ref.fa read1.sai read2.sai read1.fq read2.fq > aln-pe.sam

大于

~70bp

bwa mem ref.fa read1.fq read2.fq > aln-pe.sam

PacBio

bwa mem -x pacbio ref.fa reads.fq > aln.sam

Oxford Nanopore

bwa mem -x ont2d ref.fa reads.fq > aln.sam


参考

[1] https://github.com/lh3/bwa





https://m.sciencenet.cn/blog-994715-1341818.html

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GMT+8, 2022-11-27 10:43

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