平台 | 命令 | ||
Illumina 454 IonTorrent | 单 端 | 小于 ~70bp | bwa aln ref.fa reads.fq > reads.sai bwa samse ref.fa reads.sai reads.fq > aln-se.sam |
大于 ~70bp | bwa mem ref.fa reads.fq > aln.sam | ||
双 端 | 小于 ~70bp | bwa aln ref.fa read1.fq > read1.sai bwa aln ref.fa read2.fq > read2.sai bwa sampe ref.fa read1.sai read2.sai read1.fq read2.fq > aln-pe.sam | |
大于 ~70bp | bwa mem ref.fa read1.fq read2.fq > aln-pe.sam | ||
PacBio | bwa mem -x pacbio ref.fa reads.fq > aln.sam | ||
Oxford Nanopore | bwa mem -x ont2d ref.fa reads.fq > aln.sam | ||
博文
bwa软件快速使用
|
1. 先对参考序列建索引
bwa index 97_otus_16S.fasta
2. 快速使用
参考
[1] https://github.com/lh3/bwa
https://m.sciencenet.cn/blog-994715-1341818.html
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