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Singularity安装(Linux)

已有 1920 次阅读 2023-6-11 11:04 |系统分类:科研笔记

1. 安装依赖(root权限)

Ubuntu系统:


apt-get update

--------------------

apt-get install -y \

build-essential \

uuid-dev \

libgpgme-dev \

squashfs-tools \

libseccomp-dev \

wget \

pkg-config \

git \

cryptsetup-bin

Centos系统:


yum groupinstall -y 'Development Tools'

--------------------------------------

yum install -y epel-release

--------------------------------------

yum install -y \

libseccomp-devel \

squashfs-tools \

cryptsetup \

wget git


2. 安装 GO 语言

singularity使用Go编写,需要安装Go。

https://golang.org/dl/ 下载合适版本的Go至~(用户家目录下)。并添加到环境变量中。

mkdir singularity

cd singularity

wget -c https://go.dev/dl/go1.20.linux-amd64.tar.gz

-----------------------------------------------------

tar -C ~ -xzf go1.20.linux-amd64.tar.gz

-----------------------------------------------------

vi ~/.bashrc

添加go路径:export PATH=$PATH:~/go/bin/

更新source ~/.bashrc

-----------------------------------------------------

测试go版本:go version

备注:singularity3.0以上的版本需要下载Go 1.13以上的版本。比如我下载了go1.20.linux-amd64.tar.gz。


3.安装singularity

下载地址:https://github.com/hpcng/singularity/releases

wget -c https://github.com/apptainer/singularity/releases/download/v3.8.7/singularity-3.8.7.tar.gz

tar -zxvf singularity-3.8.7.tar.gz

-----------------------------------------------

编译

cd singularity/

./mconfig  #配置安装路径,默认当前路径

make     #编译

make install #安装(root权限

----------------------------------------------

测试singularity版本:singularity --version

备注

singularity实际路径: builddir/singularity

./mconfig --prefix=/opt/singularity 也可以安装到指定目录下,建议选一个空间足够大的

编译和安装需要时间较长,请耐心等待。

【参考】

1. condasingularity来管理软件 (qq.com)

2. apptainer/singularity: Singularity has been renamed to Apptainer as part of us moving the project to the Linux Foundation. This repo has been persisted as a snapshot right before the changes. (github.com)




https://m.sciencenet.cn/blog-994715-1391352.html

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