古代医学的理论构成，往往是以各民族的自然哲学（文化）为基础，能否将其简称为“自然医学”？显然是不能的。因为已经问世的自然医学起源于19世纪苏格兰的汤玛斯·艾利连森（Thomas Allinson）。1895年，美国的约翰·锡尔（John Scheel）创造自然医学这个术语并当成商标，随后被称为“美国自然医学之父”的宾尼迪·路斯特（Benedict Lust）买下。

自然医学（英文名：Naturopathy，或Naturopathic Medicine），又称自然疗法，通常被归类在替代医学中。自然医学采用把人体视为一个整体的观点，他们相信人体存在生命力，有自愈的能力。自然医学希望能利用自然界存在的物质和人的主观能动性来预防和治疗疾病，鼓励人们或病患尽可能减少外科手术与服用化学药物，使用自然、不具侵犯的治疗方式，来改善病况、促进痊愈及保持健康。

应用于自然疗法的方法很多，最基础的是饮食和有规律的锻炼。自然医学也采用许多源自传统医学的治疗技术，如针灸、草药、刮痧、火罐、花精、水疗等。某些自然医学的理念与治疗方式，被认为不符合实证医学的要求。自然医学一般倾向于完全拒绝生物医学（biomedicine）与现代科学的态度也受到许多质疑。

“自然疗法”的秘密在于以各个病体不同的改变了的生物钟规律制定不同的作习时间，并其它一切都以此展开。通过气功中的静功或放松功锻炼，是一种人类可以了解自己体内的状态从而找到并调理自己变化了的生物钟节律的很好方法。

过去，自然医学并未广泛被医学界与科学界接受，有时甚至被指为是伪科学。例如顺势疗法、按摩疗法、芳香疗法、高倍活血镜检，自律神经检测以及虹膜学，就曾被部份人士认为是伪科学。

根据美国癌症学会于2008年的声明，“目前所有的科学根据，无法证明自然疗法可以治愈包括癌症在内的诸多疾病；因为自然医学至今没有整体的科学统计及研究被发表出来。”

根据Journal of Alternative and Complementary Medicine（另类及替代医学期刊）的文章，自然医学于科学界缺乏足够的科学证据来自我证明。巴尔的摩的临床化学期刊曾指出，“非以科学为根据的医疗提供者，包含自然医学家，使用非科学的方法，或者以欺骗的方法，来欺骗没有足够医疗知识的大众。骗术不仅伤害人民，也种下了科学家对于研究自然疗法排斥的原因。”

哈佛医学院教授Arnold S.Relman提到，自然医学教科书的内容不足以作为教科书材料，因为它无法提供许多常见疾病治疗方式的细节，过度夸大“不太会有效的治疗”的疗效，还有可能帮助药厂推销那些未经证实的草药。他下结论说，“寻求自然医学治疗，风险大于实际可能效益”。

支持自然医学的人们，往往将其历史追溯到古希腊的希波克拉底。但前者着重于应用，即一种疗法，而后者是医学的一个源头，并形成了系统的理论体系。目前承认自然医学的国家，主要是美国与加拿大。在加拿大的五省，美国的十五州及哥伦比亚特区，经过认可学院毕业的自然医学医师，可以以ND或者NMD来执业。其它区域的自然医学医师头衔并未被认可。英国的公立大学于2012年关闭他们的替代医学课程，包括自然医学。

在美国，有一个世界自然医学科学院，它是一家非政府性非赢利性自然医学学术研究机构。其宗旨是继承和总结国际自然医学的丰硕成果，结合现代生命科学，尤其是心身科学的研究进展，基于循证医学的严谨态度和四元论中整体、多元、平衡等原则，建立以人为本、绿色、安全，集疾病诊治、预防和康复于一体的自然医学新体系。

在全球环境日趋恶化，食物大量加入化学添加剂，化学药品致畸、致癌、致突变日益明显的情况下，是人们对化学合成药物的一种反抗，也是人们归真返朴，顺乎自然的产物。它强调心身和谐互动，倡导人类培养积极、正面的心理，关注于研究生命属性和干预方法的相适性原则。研究院自成立以来，在科学研究、学术交流、科普咨询、机构合作、实体建设等方面做了大量工作。其研究方向包括：（1）自然医学的循证医学研究方法；（2）自然疗法的标准化；（3）人生命属性的界定和干预方法的相适性；（4）四元论、四元医学模式研究及四元生命管理系统的开发；（5）不良情绪的累积效应及其对基因表达的影响；（6）和思内观疗法的基础和临床医学研究；（7）基于3G手机平台的实时移动健康管理系统。