对于heatmap.2计算样本间距离，构画聚类图，有较多的参考资料

1）https://www.rdocumentation.org/packages/gplots/versions/3.0.1/topics/heatmap.2

2）http://f.dataguru.cn/thread-116821-1-1.html

3）http://blog.sciencenet.cn/blog-1334016-809448.html

4）http://www.360doc.com/content/14/1103/10/17553313_422108323.shtml

heatmap.2需要的数据格式都有相应介绍，最近利用此软件，想尝试利用不同距离计算的策略去看看对聚类效果的影响，主要通过修改distfun参数实现，

具体修改方式：

heatmap.2(...,distfun =function(x) dist(x,method ='euclidean'),...)

对于hclustfun的修改方式类似，

heatmap.2(...,hclustfun =function(x) hclust(x,method ='centroid'),...)

代码最终如下：

library(gplots)

png("./*.png")

data<-read.table("*.csv",header=T,check.names=F)

datamatrix=data.matrix(data)

heatmap.2(datamatrix,

                 distfun=function(x) dist(x,method='minkowski'),

                 col=greenred,cexCol=1.2,cexRow=1,

                 margins=c(10,10),trace = "none",density.info = "none",

                 labRow="",dendrogram="column",keysize=1)

dev.off()

可将method修改为需要的距离计算方法

参考资料：http://stackoverflow.com/questions/6806762/setting-distance-matrix-and-clustering-methods-in-heatmap-2