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GO和Pathway分析推荐clusterProfiler
肖斌 2017-5-4 17:09
clusterProfiler的安装: 连网,参考 http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/clusterProfiler.html 个人利用Mac在操作时,将 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 修改成 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 然后成 ...
个人分类: 科研文章|9557 次阅读|没有评论
DSS的基本使用
肖斌 2017-2-15 12:20
参考文章:ABayesianhierarchicalmodeltodetectdifferentiallymethylatedlocifromsinglenucleotideresolutionsequencingdata DSS为计算不同组别间差异甲基化位点和区域的R包。 DSS的下载与安装: 1)source( htt ...
个人分类: 科研文章|7535 次阅读|没有评论
文章Microbial diversity in individuals and their的解读
肖斌 2016-10-9 15:47
文章: Microbial diversity in individuals and their household contacts following typical antibiotic courses 时间:2016 杂志:Microbiome 研究目的: (1) discern the effects of the 2 most commonly prescribed antibiotic ...
个人分类: 科研文章|2752 次阅读|没有评论
pandaseq在linux环境下的安装
肖斌 2016-7-13 15:12
根据 https://github.com/neufeld/pandaseq/wiki/Installation 提示, 1)先在linux服务器上进行yum install zlib-devel bzip2-devel libtool-ltdl-devel libtool,其中libtool-ltdl-devel提示不存在这个包,暂时没管它; 2)执行./autogen.sh,出现提示 AM_PRO ...
个人分类: 科研文章|6847 次阅读|没有评论
关于16s扩增区域选择的文章
肖斌 2016-7-6 17:51
文章: Primer and platform effects on 16SrRNA tag sequencing 杂志:Frontiers in Microbiology 2015 研究方案:three different amplification primer sets (targeting V4, V6–V8, and V7–V8)三个区域 、two sequencing technologies (454 pyrosequencing and Illumina MiSeq) ...
个人分类: 科研文章|6545 次阅读|没有评论
微生物数据的可视化工具
肖斌 2016-7-6 16:57
文章: EMPeror: a tool for visualizing high-throughput microbial community data 2013 ( http://www.ncbi.nlm.nih.gov/pubmed/24280061 )
个人分类: 科研文章|2454 次阅读|没有评论
文章Persistent gut microbiota immaturity的内容解读
肖斌 2016-7-6 12:15
文章: Persistent gut microbiota immaturity inmalnourished Bangladeshi children 杂志:Nature 2014 研究目的: The relationships between the type of nutritional intervention, the gut microbiota, and therapeutic responses are unclear. 对于 severe acute malnutrition(SAM)、 moder ...
个人分类: 科研文章|2839 次阅读|没有评论
文章Early life establishment of site-specific microbial.解读
肖斌 2016-7-5 17:52
文章: Early life establishment of site-specific microbialcommunities in the gut 杂志:Gut Microbes 2014 研究目的: To assess the stratification of microbes in the newborn gut and to evaluate the probable shortcoming of fecalsampling in place of tissue sampling 比 ...
个人分类: 科研文章|2826 次阅读|没有评论
LEfSe的介绍
热度 1 肖斌 2016-7-5 15:26
参考文章: Metagenomic biomarker discovery andexplanation 杂志:Genome Biology 2011 此工具目的在于metagenomic biomarker discovery,具体的原理如下图: 主要分为3个步骤,输入的数据是m个样本,每个样本有n个属性。 Figure illustrates in detail the for-mat of the input ...
个人分类: 科研文章|17519 次阅读|2 个评论 热度 1
文章Dynamics of Infant Gut Microbiota...的内容解读
肖斌 2016-6-29 14:43
文章:Dynamics of Infant Gut Microbiota Are Influenced by Delivery Modeand Gestational Duration and Are Associated with Subsequent Adiposity 杂志:MBio 文中一些观点的考虑: 1)At birth, human infants start accumulating intestinal microbiota until a relatively stable state ...
个人分类: 科研文章|3054 次阅读|没有评论

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