通过在Amber的控制文件&Cntrl的list里写入某些mask关键词，可以进行限制性的优化或跑动力学。amber里可进行限制性的操作有：

1.固定某些原子

关键词：ibelly, bellymask

两个词需同时指定才能达到固定原子目的。如：

ibelly=1,  

bellymask="不被固定的原子"

解释：ibelly表示flag for belly type dynamics.当ibelly=1时，表示某些原子被固定，某些原子可移动。可移动的原子通过bellymask指定。

2.给某些原子加上束缚力

关键词：ntr, restraint_wt, restraint_mask

三个关键词需同时指定。如：

ntr=1,

restraint_wt=100.0

restraint_mask="被束缚的原子"

解释：

ntr：Flag for restraining specified atoms in Cartesianspace using a harmonic potential. ntr>0时，需同时指定restraint_wt, restraint_mask。

restraint_wt：The weight (in kcal/mol−Å2) for thepositional restraints.The restraint is of the form k(∆x)2,where k is the value given by this variable, and ∆x is the difference betweenone of the Cartesian coordinates of a restrained atom and its reference position.手册给出以上定义。这个值的大小如何选取？参考力场文件里相应的键的力常数一项且注意单位是否一致（如prmtop文件里%FLAG BOND_FORCE_CONSTANT这一部分数据）

restraint_mask：指定被束缚的原子。

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在bellymask="  " 以及restraint_mask="  "中，如何选定目标原子？

以下：

在""中可以指定的有：原子或者残基的编号或名字。规则如下：

以：指定残基的编号或名字

以@ 指定原子的编号或名字

以 @% 指定原子类型

如：

:1-10,12,15-20  表示1-10号，12号，15-20号残基

：ASN,CYS,HIS  表示体系里所以ASN,CYS,HIS氨基酸

@1-200,220  表示1-200号原子和220号原子

@CA,C,O  表示体系里atom name 为 CA,C,O的三个原子

@%CT,N3  表示体系里atom type 为CT，N3的所有原子

复合选项：

&表示and

|表示or

！表示否定，即不包括的意思

（）表示优先

距离范围选项：

<:

>:

<@

>@

通配符：* 和 =

*表示代表所有。如：

:*  表示所有残基

@*表示所有原子

@%N*  表示所有N原子的原子类型，即所有N原子。

=只能去匹配原子或者残基的名字，且只能匹配名字的后面部分，即：

:AS=  所有以AS开头的残基名称，即所有ASN,ASP氨基酸

@H=  所有以H开始的原子名称，即所有H原子

:=A  这样是不对的，=不能指定原子或残基名字的开端。

一些例子：

"@C=& !@CA,C"

所有C原子，但不包含名字为CA，C的碳原子。

":1-3@CA"

1-3号残基中的名字为CA的原子

"(:1-3@CA| :5-7@CB)"

1-3号残基中的名字为CA的原子和5-7号残基中的名字为CB的原子

":CYS,ARG& !(:1-10 | @CA,CB)"

所有CYS,ARG残基里的原子，但是不包括1-10号残基的原子，和所有名称为CA，CB的原子。

"!@H="

不包括H原子，即包括所有重原子。

":5<@4.5"

距离5号残基在4.5埃范围内的所有原子

"(:1-55<:3.0) & :WAT"

距离1-55号残基在3埃范围内的所有的水分子（WAT是水分子的segname）

":1-160&!@H="

1-160号残基中的所有重原子（即除去H原子）

详见Amber12版的manual，附录C。

完！