以在文昌鱼、海鞘等基因组中检索***为例

Blast本地化构建

程序下载 链接到：ftp://ftp.ncbi.nlm.nih.gov/blast/executables/blast+/LATEST/

安装流程 建议安装在非系统盘，如将下载的 BLAST 程序安装到 D:\blast，生成 bin、doc 两个子目录，其中 bin 是程序目录，doc是文档目录，安装完毕。

用户环境变量设置

数据的获取 ：直接从 NCBI或者其他数据库网站下载所需序列做成数据库，或者自己已有的测序数据（格式为 fasta，可自己命名）。 下载的基因组先用压缩软件解压，然后用makeblastdb.exe格式化。

格式化命令：makeblastdb.exe -in 基因组genomic.fna -parse_seqids -hash_index -dbtype nucl

序列检索和比对

BLAST+ 系列程序均要求查询序列以“.fasta” 格式，“.fasta”格式是指DNA序列第一行开始于一个标识符：“>”，紧接着（无空格）是对该序列的唯一描述（即ID），然后一个空格，接着是对该序列 的描述（也可有可无），从第二行开始即为序列，中间的空格，换行无影响。为了方便阅读，建议每一行序列不要超过80个字母。

首先将slCaMlsp.fasta放到D:\blast文件夹下，然后调出MS-DOS命令行，转到D:\blast文件夹下运行以下命令：

blastn.exe -task blastn -query 查询序列名称.fasta -db 基因组名称genomic.fna -out 输出文件名.txt

相关参数说明：blastp.exe  程序执行命令，exe 前的程序根据自己的需要而换；

-task  后面选择所需的程序，blastn, blatp, tblastx 等；

-query  后接查询序列的文件名称，文件名中不能有空格；

-db  后接格式化好的数据库名称；

-out  后接要输出的文件名称及格式。

注：本教程参考fangchun0178的博客（http://blog.sina.com.cn/s/blog_54008f790100xwwk.html），结合本人的操作过程实践写作此文。在此向fangchun0178表示诚挚的感谢！