科学网—IMATSOFT的博文

Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）骨架跃迁实现先导化合物优化

杨志强 2022-11-3 15:42

目的：采用Grow Scoffold，通过寻找适合的替代骨架进行骨架跃迁实现先导化合物优化所需功能和模块： Discovery Studio Client, DS CHARMM Lite, and DS CATALYST CONFORMATION. 所需数据文件： 1o86_ligand.sd, 1o86_complex.dsv 所需时间： 30 分钟介绍骨架跃迁（Scaffol ...

2216 次阅读|没有评论

Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）构建基于受体结构的药效团模型

杨志强 2022-11-3 15:20

目的：通过此教程，了解Discovery Studio中构建基于受体三维结构药效团的操作方法及结果分析。所需功能和模块： Discovery Studio client ，DS CATALYST SBP，DS CATALYST SCORE，DS CATALYST CONFOMATION。所需数据文件： 1k22_potein_ligand.dsv ，thrombin_ligands.sd，kinase_ligands.sd。 ...

1876 次阅读|没有评论

Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）药物毒理学性质预测及结果分析

杨志强 2022-11-3 15:02

目的：采用Discovery Studio，以一组小分子化合物为实例，示范毒理学性质预测及结果分析操作过程。所需功能和模块： Discovery Studio Visualizer client 和DS TOPKAT。所需数据文件： 1fvv_ligand.dsv 。所需时间： 10分钟介绍毒理学性质预测流程TOPKAT基于分子的2D结构对 ...

1555 次阅读|没有评论

Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）使用ZDOCK进行蛋白-蛋白对接

杨志强 2022-11-3 14:51

目的：通过此教程，了解Discovery Studio中蛋白序与蛋白质之间相互对接的操作方法及结果分析。所需功能和模块： Discovery Studio Client ，Dock Proteins with ZDOCK，Refinement with RDOCK。所需数据文件： 2ptn.pdb ，2sta_I.pdb。所需时间： 1 小时30分钟介绍蛋白对接 ...

4537 次阅读|没有评论

Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials） ADMET预测药物代谢动力学

杨志强 2022-11-3 11:14

目的：采用Discovery Studio，以一组小分子化合物为实例，计算其ADMET性质并对预测结果进行分析。所需功能和模块： Discovery Studio Visualizer Client 和DS ADMET。所需数据文件： pk-test.sd 。所需时间： 10分钟介绍 ADMET 性质是指分子在有机体内的吸收、分布、代谢、排 ...

2695 次阅读|没有评论

Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）预测蛋白质聚集、水溶性、粘度、可开发性等性质

杨志强 2022-11-3 10:50

目的：通过此教程，了解Discovery Studio中预测蛋白聚集位点的操作方法及结果分析。所需功能和模块： Discovery Studio Client ， Protein Aggregation 所需数据文件： 1hzh.pdb 。所需时间： 20 分钟介绍抗体等具有治疗功能的蛋白，如果处于比较高的浓度下，会有发生聚集的 ...

1911 次阅读|没有评论

Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）定义蛋白活性位点以进行分子对接

杨志强 2022-11-3 10:17

目的：采用Discovery Studio，以一个蛋白为实例，示范定义受体结合位点的操作过程。所需功能和模块： Discovery Studio Visualizer client 所需数据文件： 1kim.pdb 所需时间： 10 分钟介绍受体结合位点的定义对于分子对接和打分都非常重要。寻找结合位点有两种方法：在 ...

1448 次阅读|没有评论

Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）可视化分子对接非键作用

杨志强 2022-11-3 09:58

所需功能和模块： Discovery Studio Client 所需数据文件： 3pwh_dockedposes.dsv 所需时间： 20 分钟介绍分子之间的非键相互作用是生命体系中分子识别的基础。在基于结构的药物设计过程中，识别和优化配体分子和受体分子间的相互作用是一个基本过程，因此，全面细致的分析非键相互作用 ...

2137 次阅读|没有评论

Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）拉伸动力学计算结合自由能

杨志强 2022-11-3 09:40

目的：采用拉伸动力学计算结合能。所需功能和模块： Discovery Studio Client, DS CHARMm 。所需数据文件： 3HTB.pdb 所需时间： 0.5 小时+SMD时间（使用单核大约9小时）介绍拉伸分子动力学模拟可以使原来在微妙至秒时间范围内发生的生物物理过程在纳秒尺度内进行模拟，从而动 ...

2700 次阅读|没有评论

Discovery Studio官方教程（Help-Tutorials）构建基于分子共同特征的药效团模型

杨志强 2022-11-2 17:48

目的：通过此教程，了解Discovery Studio中构建基于分子共同特征的药效团的操作方法及结果分析。所需功能和模块： Discovery Studio Client ，DS Catalyst Conformation，DS Catalyst Hypothesis，DS Catalyst Score。所需数据文件： 5HT2c_ligands.sd ，sulfonamide5HT2c_ligands.sd，sampledrugs2 ...

2188 次阅读|没有评论

帐号		自动登录	找回密码
密码			注册

关闭 安全验证

IMATSOFT

关闭安全验证