参考链接：

官方FAQ:

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/books/NBK63512/#Download.can_you_show_me_what_exactly__1

seq-answer相关帖子：

http://seqanswers.com/forums/showthread.php?t=29516

即使有这些帮助文档，我还是花了几个小时来搞定恼人的.ncbi_enc后缀。

SRAtools在这里下载：

http://www.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/?view=software

我下载的是CentOS Linux 64 bit architecture

解压缩后，进入 /path/to/sratoolkit.2.4.2-centos_linux64/bin

运行

./vdb-config -i

进入一个图形configure界面（GUI）

具体见 http://trace.ncbi.nlm.nih.gov/Traces/sra/sra.cgi?view=toolkit_doc&f=std#s-6

如报错，如

./vdb-config: /usr/lib64/libstdc++.so.6: version `GLIBCXX_3.4.9' not found (required by ./vdb-config)

说明libstdc++.so.6版本过低，需要更新版本。如果没有权限升级，可以考虑下载windows或mac版本的sratools，在windows或mac下configure。

进入GUI以后，读取密钥文件（*.ngc，如没有，要重新回到dbGaP下载），保存退出。进入默认的work space （一般在/home/usrname下），运行

./vdb-decrypt --decrypt-sra-files [加密的sra文件根目录]

即可开始解压过程。

work space应该可以改，可是我尝试改了之后没有运行成功，使用默认值OK。解密后的SRA文件还是存于原目录，不会占用home的空间。

据说SRAtoolkit 2.4以前的版本不需要configure，我也尝试了，但没有configure不知道怎么读取密钥文件，最终还是选择了v2.4.2。

吐槽一下，想拿到dbGaP数据不容易，首先得写申请书，经过一两个月的审查批准后，用NCBI的Aspera工具下载数据以及密钥，在用SRAtoolkits解密并提取fastq或其他目标格式文件。