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多基因DNA条形码系统MEE在线发表（Early View全文分享）
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Early View全文分享：
2015-Douglas et al.-A DNA Barcoding system integrating multigene sequence data.pdf
自2003年在加拿大多伦多大学，了解了DNA条形码的理念后，我个人持续关注。2005年在伦敦自然历史博物馆参加第二届世界DNA条形码大会后，自己更加希望做些工作，推动昆虫系统学工作。基于DNA序列，学界已经开发了很多用于分类鉴定的方法和系统。但是，在真核生物中，大多数系统使用单个预设的基因片段，如COI、16S等。有限数据信息可能导致鉴定结果出现一定的偏差。这些系统也很难识别并分析基因组来源的大量基因数据。
今天收到Methods in Ecology and Evolution编辑部来信，Douglas Chesters博士等整合多基因数据的DNA条形码系统的研究论文已经被正式接受，并将于近日在线发表。
在这篇论文中，我们实现了多个基因的DNA条形码功能：1）基于经常测定的基因位点数据，建立一个参考框架性数据集；2）其它基因数据和参考序列进行同源比对、剪切，同时在种内变异范围内对查询基因片段赋予物种分类阶元信息。我们把该方法和现有一些方法进行了比较，如“bagpipe_phylo”。后者在系统发育树上给序列重新赋予分类阶元信息。
上述建议的多基因系统正确推断了GenBank中节肢动物78%的物种和94%的属级阶元。尤为关键的是，物种鉴别的比例高于仅仅用COI的方法。测试数据中，24%的物种仅仅见于非COI基因，而且这些COI之外的基因的物种阶元信息赋予正确率并没有明显的降低。同法，我们应用非COI的数据栏对建立的宏基因组数据进行了额外的物种阶元信息赋予。通过测试1个273条蜜蜂基因序列的数据，我们通过改变遗传距离的计算方法，物种赋予正确率和基于系统发育的分类鉴定结果差异不明显。
标准的单基因片段DNA条形码仍然是基于PCR产生数据的物种鉴定的重要鉴定工具。对于已经建立的大量物种DNA条形码“骨干数据”而言，本文方法可以补充下列几点：1）基因组数据；2）通过整合其它独立的基因位点降低错误；3）对非条形码片段进行额外的物种鉴定。通过新一代测序平台，后面两点和群落基因组监测工作尤其相关。
学海无涯勤作舟。Douglas博士来组里以后，努力工作，取得了一系列的研究进展。在基于基因序列的物种界别的方向上，Douglas博士已经连续在Systematic Biology（2篇）和Methods in Ecology and Evolution（2篇）上发表论文，把单个基因的思路推广到多个基因，并实现了大数据库中基因物种信息的自动矫正和赋予。功夫不负有心人：2014年，他获得中国科学院院长国际学者1年期项目（PIFI），获得一项国家自然科学基金项目，并于年底成功竞聘为动物研究所副研究员。
后续我们计划在下面几个方面继续努力：
1）把该方法推广到基因组。这个功能已经部分实现，但是还需要较多组学数据的实际测试。
2）把该方法推广到系统树上的一些关键节点。这是我个人最感兴趣的点。
3）把该方法和其它学科，特别是昆虫多样性和物种互作研究结合起来。
4）把该方法更系统地应用到蜜蜂物种较为丰富的几个属中，加快蜜蜂总科系统学研究工作。
原文摘要和全文将于在线后和大家分享:
https://m.sciencenet.cn/blog-536560-871373.html
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