|||| |
HISAT(hierarchical indexing for spliced alignment of transcripts,转录本剪接比对分级索引)是一个比对来自RNA-Seq reads的高效系统。
HISAT使用一个基于Burrows-Wheeler变换和Ferragina-Manzini(FM)索引的索引方案,利用了两类索引进行比对:一个全基因组FM索引以定位每个比对,和许多局部FM索引用于非常快地扩展这些比对。
HISAT的人类基因组分级索引包含48,000个局部FM索引,每个索引代表了一个约64,000 bp的基因组区。
在真实和模拟数据集上的测试显示HISAT是当前可用的最快的系统,具有比任何其他工具等同或更好的准确性。
尽管它拥有大量索引,但是HISAT仅需要4.3GB的内存。HISAT支持任何尺寸的基因组,包括那些大于40亿碱基的基因组。
下载:http://www.ccb.jhu.edu/software/hisat/index.shtml
语言:C
参考:HISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements
Archiver|手机版|科学网 ( 京ICP备07017567号-12 )
GMT+8, 2024-5-11 19:25
Powered by ScienceNet.cn
Copyright © 2007- 中国科学报社