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Nature Methods:三代测序快速比对、纠错和从头组装新方法

已有 7090 次阅读 2017-9-21 08:27 |个人分类:每日摘要|系统分类:论文交流|关键词:学者


MECAT: fast mapping, error correction, and de novo assembly for single-molecule sequencing reads


First author:Chuan-Le Xiao; Affiliations: Sun Yat-sen University (中山大学): Guangzhou, China

Corresponding author: Zhi Xie


We present a tool that combines fast mapping, error correction, and de novo assembly (MECAT; accessible at https://github.com/xiaochuanle/MECAT) for processing single-molecule sequencing (SMS) reads. MECAT's computing efficiency is superior to that of current tools, while the results MECAT produces are comparable or improved. MECAT enables reference mapping or de novoassembly of large genomes using SMS reads on a single computer.


本文作者开发了一款新的方法MECAT用于处理三代测序,主要是快速比对、纠错及从头组装。MECAT的计算效率优于已知的任何其它方法,同时MECAT的结果也有提升。MECAT能够在单台电脑上完成较大基因组的有参或无参组装。


通讯:谢志 (http://www.zocophlab.com/a/201601/904471.html)


个人简介:2007 – 2010年,约翰霍普金斯大学,眼科研究院,博士后研究员;2010 – 2012年,美国国立健康研究院,人类免疫中心,Staff Scientist;2012 – 2013年,美国国立癌症研究院,研究学者; 2013 – 至今,中山大学,中山大学眼科中心,教授。


研究方向:基于计算生物学,基因组学及蛋白组学的人体疾病的研究。


doi: 10.1038/nmeth.4432


Journal: Nature Methods
Published online: September 18, 2017.


P.S. 欢迎关注微信公众号:微信号Plant_Frontiers



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