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一岁孩子肠道内细菌、真菌和古细菌的变化: 肖斌 2017-5-16 16:52; 文章：Colonization and Succession within the Human Gut Microbiome by Archaea, Bacteria, and Microeukaryotes during the First Year of Life 时间：2017 文章目的： In our present work, a longitudinal study was conducted to describe the colonization and succession of the three domains of life within t ...; 个人分类: 菌群|2171 次阅读|没有评论

GO和Pathway分析推荐clusterProfiler: 肖斌 2017-5-4 17:09; clusterProfiler的安装：连网，参考 http://www.bioconductor.org/packages/release/bioc/html/clusterProfiler.html 个人利用Mac在操作时，将 source("https://bioconductor.org/biocLite.R") 修改成 source("http://bioconductor.org/biocLite.R") 然后成 ...; 个人分类: 科研文章|9540 次阅读|没有评论

heatmap.2中距离计算方法的修改: 肖斌 2017-3-16 17:13; 对于heatmap.2计算样本间距离，构画聚类图，有较多的参考资料 1） https://www.rdocumentation.org/packages/gplots/versions/3.0.1/topics/heatmap.2 2） http://f.dataguru.cn/thread-116821-1-1.html 3） http://blog.sciencenet.cn/blog-1334016-809448.html 4） http://www.360doc.com/content/14/1103/10/175 ...; 个人分类: R语言画图|6995 次阅读|没有评论

DSS的基本使用: 肖斌 2017-2-15 12:20; 参考文章：ABayesianhierarchicalmodeltodetectdifferentiallymethylatedlocifromsinglenucleotideresolutionsequencingdata DSS为计算不同组别间差异甲基化位点和区域的R包。 DSS的下载与安装： 1）source( htt ...; 个人分类: 科研文章|7500 次阅读|没有评论

如何查找CpG Islands, CpG shores等: 肖斌 2017-2-14 12:13; 在homospecies物种，随着研究的深入，注释信息不断丰富针对CpGIslands，目前也有了较为清楚的界定，它的查找过程： 1） https://genome.ucsc.edu/cgi-bin/hgTables?command=start 打开后如下图 2）在“group”点击下拉框，如下图，选择“Regulation” 3）在“track”点击下拉框，出现下图，选择 ...; 个人分类: 数据分析|6026 次阅读|没有评论

益生菌和致病菌的数据库: 肖斌 2017-2-13 18:01; 益生菌数据库： http://probioticsdb.com/probiotic-strains/ 致病菌数据库： http://www.globalrph.com/bacterial-strains.htm 国家卫生部批准的食品可添加益生菌： http://www.zybh.gov.cn/newpage/zcfg/2003n3.htm http://www.biomart.cn/experiment/628/629/43938.htm; 个人分类: 菌群|7097 次阅读|没有评论

ggplot2实现散点图上文字的添加: 肖斌 2017-1-12 10:50; 数据准备：实现代码： library(ggplot2) png(./pcr.png) data=read.table(pcr.csv,header=T) p-ggplot(data,aes(x=pca1,y=pca2,group=group))+scale_shape_manual(values=c(0,1,2,3,4,5,6,7,8)) + geom_point(size=6,aes(colour=group))+geom_text(label=paste(data$date),colour= ...; 个人分类: R语言画图|28800 次阅读|没有评论

ggplot2实现散点折线图: 肖斌 2017-1-5 08:51; 准备的数据：第一列是时间，第二列是样本，第三列是具体数值。横轴标为时间，纵坐标为具体数值，图中不同颜色展示不同样本。具体的代码： library(ggplot2) png(./xyz.png)（保存成png） ups-read.delim(xyz.csv)（读取数据） ups$date - factor(ups\$date,levels(ups$date) )（横坐标 ...; 个人分类: R语言画图|29444 次阅读|没有评论

文章Microbial diversity in individuals and their的解读: 肖斌 2016-10-9 15:47; 文章： Microbial diversity in individuals and their household contacts following typical antibiotic courses 时间：2016 杂志：Microbiome 研究目的： (1) discern the effects of the 2 most commonly prescribed antibiotic ...; 个人分类: 科研文章|2733 次阅读|没有评论

LEfSe在Linux下的安装过程: 热度 1 肖斌 2016-8-17 17:16; 此博文记录一下在linux下安装LEfSe的过程下载好LEfSe之后，目录下有个requirements.txt文件，其中要求 R下利用install.packages()在线安装相关的包，在安装mvtnorm时，出现报错信息 goole查询到 http://stackoverflow.com/questions/335928/ld-cannot-find-a ...; 个人分类: python|11056 次阅读|4 个评论热度 1

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