[转载]解决: g++: internal compiler error: Killed (program cc1)

陈明杰 2019-6-16 19:38

错误现象： cc:Internalerror:Killed(programcc1) ... 大体上是因为内存不足,临时使用交换分区来解决吧 sudoddif=/dev/zeroof=/swapfilebs=64Mcount=16sudomkswap/swapfilesudoswapon/swapfile 编译完成，可以取消交换分区： ...

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[转载]R2G2 -- 在谷歌地球中进行数据定量可视化

陈明杰 2019-6-5 17:59

将数据展示在谷歌地球上。 例如：A，温度；B，进化树；C，物种多样性。 下载： https://cran.r-project.org/src/contrib/Archive/R2G2/ 参考： Quantitative visualization of biological data in Google Earth using R2G2, an R CRAN package

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FastQ Screen -- 调查fastq测序数据是否污染

陈明杰 2019-6-5 17:56

高通量测序有时会有样品污染，如何判断是什么污染呢？ 最简单的做法是把常见的基因组建个索引，然后逐个比对，哪个比对最高，就是哪个污染。 有个软件叫FastQ Screen，替你完成这个工作。 当需要确认来源基因组时，需要针对多个基因组进行比对。针对多个基因组进行比对对检测污染或鉴定样品互换也是有用的 ...

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[转载]CircPro -- 鉴定具有蛋白质编码潜能的circRNAs

陈明杰 2019-6-5 17:34

环状RNAs（Circular RNAs，circRNAs）是一类新的内源性RNAs，它们在真核生物细胞中广泛存在。circRNA在各种生物学过程中的新兴作用表明它是RNA世界中一个有希望的关键参与者。 大部分circRNAs是通过pre-mRNAs的反向剪接产生的，形成一个共价闭合环结构，没有5'帽和3' polyaA尾。此外，大部分circRNAs与翻译核 ...

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[转载]Quake -- 检测和修正测序reads中的错误

陈明杰 2019-6-5 17:29

Quake使用最大似然方法结合质量值和核苷酸特异性错误识别率，检测和修正测序reads中的错误。使用Quake后，在从头装配和SNP检测中获得了大量改进。Quake能够用于任何大小的项目，包括超过10亿条人类reads。 修正搜索 每个（质量差的）节点，可以有3种修正状态（即共四种状态）。例如：T修正成A,C,G，三种状态。 ...

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[转载]ngsCAT -- 评估靶向富集测序效率

陈明杰 2019-6-2 11:27

通过下一代测序（Next Generation Sequencing，NGS）进行靶向富集测序是研究人类基因组特定基因座或外显子组的一种常见方法。需要评估富集过程中的效率和偏差缺乏以作为下游分析前的一个质控步骤。需要能够报告敏感性、特异性、一致性和其他富集特异性特征的工具。 NGS数据捕获评估工具（ngsCAT）是一个利用比对片段和 ...

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[转载]HISAT -- 一个具有低内存需求的快速剪接比对器

陈明杰 2019-6-2 11:03

HISAT（hierarchical indexing for spliced alignment of transcripts，转录本剪接比对分级索引）是一个比对来自RNA-Seq reads的高效系统。 HISAT使用一个基于Burrows-Wheeler变换和Ferragina-Manzini（FM）索引的索引方案，利用了两类索引进行比对：一个全基因组FM索引以定位每个比对，和许多局部FM索引用于非常快地扩 ...

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[转载]3Dmol.js -- 用WebGL进行分子可视化

陈明杰 2019-6-2 10:50

3Dmol.js是一个现代的、面向对象的JavaScript库，它使用最新网络技术提供交互式、硬件加速的分子数据三维表征，不需要安装浏览器插件或Java。 3Dmol.js为开发者提供了一个全功能API，以及一个简单的声明式接口，让用户在网站上容易地共享和嵌入分子数据。 A：3Dmol.js渲染的3D图；B：JavaScript代码；C：HTML中 ...

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[转载]pLoc-mAnimal -- 以单位点和多位点预测动物蛋白质的亚细胞定位

陈明杰 2019-6-2 10:35

细胞的许多重要功能以及它们的生长和繁殖是通过位于不同细胞器或位置的蛋白质分子执行的。面对蛋白质序列的指数增长，开发快速且有效的注释蛋白质亚细胞定位的方法是有挑战性的。 越来越多的证据已经表明蛋白质能同时存在于两个或多个不同的亚细胞位点，或者在它们之间移动。不幸的是，大部分现有计算方法仅能处理单标记 ...

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