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qimme2-vsearch聚类序列为OTUs
刘树青 2022-6-17 17:52
目前QIIME2支持3种聚类方式: 无参(De novo), 有参(closed-reference), 半有参(open-reference clustering,即先有参比对再将无法比对序 ...
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bwa软件快速使用
刘树青 2022-6-6 15:34
1. 先对参考序列建索引 bwa index97_otus_16S.fasta 2. 快速使用 平台 命令 Illumina 454 IonTorrent 单 端 小于 ~70bp bwa aln ref.fa reads.fq reads.sai bwa samse ref.fa reads.sai reads.fq aln-se.sam 大于 ~70bp bw ...
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minimap2比对结果解释
刘树青 2022-6-4 11:35
1. PAF格式 命令 minimap2 -c ref.fa query.fa alignment.c.paf 结果解释 .paf结果至少包括12列,加其他字段 Col Type Description 1 string Query序列ID 2 int Query序列长度 3 int Query比对开始位置(* based ) 4 in ...
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vsearch软件cluster(聚类)结果解释
刘树青 2022-6-1 17:20
命令: vsearch --cluster_fast test.fasta --id 0.97 --centroids ./test.clusters97.fasta --uc ./test.clusters.uc 解释: --id 聚类阈值 --centroids 聚类之后的fa文件 --uc 聚类信息(uclust-like format) 结果: --uc (共10列) 1.类型( S, H, C ) a cluster c ...
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python中的浮点数range方法
刘树青 2022-3-17 12:06
例子: #python中的range函数支持步进,如下: print range(2,15,3) #但是浮点数不支持range函数,自己定义一个类似的 from decimal import * def floatrange ( start , stop , steps ): ''' start:计数从 start 开始 ...
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使用python语言,统计列表的四分位数
刘树青 2021-12-17 10:39
四分位数: 统计学中把所有数值由小到大排列并分成四等份, 它是一组数据排序后处于25%和75%位置上的值。四分位数是通过3个点将全部数据等分为4部分,其中每部分包含25%的数据。很显然,中间的四分位数就是中位数,因此通常所说的四分位数是指处在25%位置上的数值(称为下四分位数)和处在75%位置上的数值(称为上四 ...
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kraken2结果解释
刘树青 2020-5-22 09:54
详情: https://ccb.jhu.edu/software/kraken2/index.shtml?t=manual --output 共5列 1.C/U:是否分类(C:分类;U:未分类) 2.测序数据read ID号 ,来自 FASTA/FASTQ文件 3.分类ID号,(例:Mucilaginibacter ginsenosidivorax (taxid 862126);如果 taxid号为0,说明没有分类 ) ...
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题目95
刘树青 2017-10-19 22:07
一个整数,它加上100后是一个完全平方数,再加上168又是一个完全平方数,请问该数是多少? a=[] b=1 x=1 while b0: b+=1 c=b**2 x+=1 a.append(c) if (x+100 in a) and (x+268 in a): print(x) ...
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回文数检测
刘树青 2017-10-19 17:36
a=input(请输入一个数字:) b=len(a) c= == c : print(回文数) else: pass else: if c == c : print(回文数) else: ...
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GMT+8, 2022-10-7 14:21

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