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kraken2个性化建库
刘树青 2023-8-11 21:53
1. kraken2 安装 1. 下载 Kraken2 下载地址: https://github.com/DerrickWood/kraken2/releases/tag/v2.1.3/ 解压 kraken2-2.1.3/ 2. 安装到指定位置( ../install/ ) install_kraken2.sh ../install/ 2.个性化建库 创建个性化库 patho 步骤 ...
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seqkit replace使用说明
刘树青 2023-8-9 00:02
功能 :使用正则表达式替换 name 以及 sequence 。 定义 : name: 描述行; sequence: 序列行; seqid:name 第一个空格前的 ID 号; descriptions : name 第一个空格后的部分。 -p, --pattern string 正则表达式 -r, --replacement string &nb ...
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R语言默认工作路径设置
刘树青 2023-8-6 12:48
方法 1 ( global options 设置 | 永久) 首先在 tools 菜单栏下,点击 global options 选项 然后在 default working directory 中可以修改默认工作路径,点 browse 修改工作路径 最后 Apply ,重启 Rstudio 。工作路径就变成已修改的路径了。 ...
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R和Rstudio安装说明
刘树青 2023-8-6 11:05
R 安装 下载完 R安装包 下载地址为 : https://cran.r-project.org 进入链接,如下图所示,在页面顶部提供了三个下载链接,分别对应三种操作系统:Windows、Mac和Linux。请选择自己操作系统对应的链接,接下来我将以windows为例给大家展示安装过程。 接下来单击【 D ...
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pandas数据合并pd.merge
刘树青 2023-7-8 19:08
模拟数据: df1 = pd.DataFrame({'Name': , 'Marks': , & ...
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pandas中阶实战
刘树青 2023-7-8 15:09
模拟数据: df = pd.DataFrame({'region': , 'province': , 'gdp-p ...
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taxonkit联合csvtk,生成Taxonomy(NCBI)
刘树青 2023-6-12 22:27
命令 : cat taxid.list | taxonkit lineage | taxonkit reformat -f {k}\t{p}\t{c}\t{o}\t{f}\t{g}\t{s} -F -P | csvtk cut -I -t -f -2 | csvtk add-header -t -n taxid,kindom,phylum,class,order,family,genus,species taxon.tsv 解释 : taxid.li ...
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Singularity安装(Linux)
刘树青 2023-6-11 11:04
1. 安装依赖( root权限 ) Ubuntu系统: apt-get update -------------------- apt-get install -y \ build-essential \ uuid-dev \ libgpgme-dev \ squashfs-tools \ libseccomp-dev \ wget \ pkg-config \ git \ cryptsetup-bin ...
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BLAST(NCBI)序列比对结果解释小记
刘树青 2023-6-10 13:14
Query Sequence | Subject Sequence B last (见下图) : 1.Gaps 是 Query 和 Sbjct 比对缺失的碱基个数(即比对不一致碱基和一致性碱基之外的碱基) / 比对一致性序列总长 Gap s = 5 / 比对一致性序列总长 ...
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seqkit软件用法小记
刘树青 2023-6-10 10:45
1. 根据 序列长度 过滤 seqkit seq -m 1000raw.fasta raw.len1000.fasta seq选项 -m 序列长度筛选(过滤掉低于-m值长度的序列) 2. 每行序列的输出长度 ①为0的话,代表为一整行,默认的输出 长度是每行60个碱基 seqkit seq test.fa &nbs ...
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